Больше всего в Эстонии пещер, образованных грунтовыми водами: их много на известняковом берегу Северной Эстонии и в глубоких долинах, а также в песчаниковых стенах в Южной Эстонии — в Тиллеору, Суур- и Вяйке-Таэваскода, Выханду и долине Пиуза, Кооркюла, Хельме и других. Пещеры, созданные волнами и сгонной водой, можно увидеть на глинтах песчаника на берегах Чудского озера и Выртсъярв, а также на известняковых берегах Северной и Западной Эстонии.
В Эстонии много искусственных пещер, особенно в районе горючего сланца на северо-востоке Эстонии и в районе песчаных шахт в Пиуза. Более широко известны пещёры Сянна, пещеры Куке у реки Пярну и пещеры Арукюла недалеко от Тарту.
Соответствие по классификации Паала: 91. Пещера
Группа местообитаний
Обнажения и пещеры
Статус местообитаний
Места обитания Natura 2000