Eestis elab tänapäeval hinnanguliselt 35 000-45 000 organismiliiki, seniste uuringutega on kindlaks tehtud ligi 30 000 liigi esinemine. Seega on väga suur osa Eesti ala liigilisest koosseisust teadmata. Ebapiisavalt on uuritud eelkõige prokarüoote, ainurakseid ning mitmeid selgrootute rühmi, iseäranis putukaid. Suhteliselt hästi on uuritud selgroogseid loomi ja taimestikku. Eestis on kohatud ligi 400 linnuliiki, ca 75 kalaliiki, 5 roomajaliiki, 11 liiki kahepaikseid ning 65 liiki imetajaid. Siin kasvab ligikaudu 1450 liiki soontaimi, 550 liiki sammaltaimi ning 2500 liiki vetikaid.