Число 2000 в названии сети связано с тем фактом, при вступлении в силу Директивы о местообитаниях сеть Natura должна была быть готова к 2000 году. На самом деле, выбор участков Natura был завершён на двадцать лет позже запланированного, и все государства-участники усердно составляют планы управления, необходимые для планирования защиты участков. Число в названии Natura 2000 имеет важное для нас значение, потому что создание сети Natura в Эстонии началось именно в 2000 году. В этом году была утверждена государственная программа, которая обеспечила большее финансирование охраны природы из государственного бюджета. Также  начал работу пилотный проект Natura в Ляэнемаа и Рапламаа, который положил начало этой деятельности для всей Эстонии. 

Территории Natura 2000 в Эстонии были выбраны к моменту вступления страны в Европейский союз в 2004 году. После представления территорий Natura Европейская комиссия проанализировала достаточность представленных нами территорий для защиты всех типов и видов местообитаний Natura, перечисленных в Директиве о местообитаниях. В результате анализа стало ясно, что для защиты определённых типов местообитаний и видов нам необходимо определить дополнительные природные территории, причём при выборе дополнительных территорий необходимо учитывать составленный экологическими организациями Эстонии так называемый «теневой список». Теневой список составляется неправительственными организациями из всех государств-участников. В нём указываются те территории, которые, по мнению неправительственных организаций, должны быть частью сети Natura 2000 в дополнение к природным территориям, представленным государственными учреждениями. 

Достаточность территорий Natura 2000, представленных Эстонией, оценивалась в два этапа: сначала в отношении наземных, в том числе прибрежных, типов и видов местообитаний (соответствующий семинар по бореальным регионам состоялся в конце 2005 году), а затем – в отношении типов и видов морской среды обитания (соответствующий семинар по региону Балтийского моря состоялся в конце 2009 году). В результате бореального семинара было решено, что мы уже выбрали достаточно территорий для защиты большинства местообитаний и видов, однако предполагалось, что мы возьмём под охрану дополнительные территории, такие как карстовые озёра, альвары и пойменные леса, а также места обитания прудовой ночницы, венериного башмачка и ещё семи других типов места обитания и пяти видов. В результате семинара по региону Балтийского моря предполагалось, что мы возьмём под охрану как минимум ещё одну зону песчаных отмелей и рифов. 

Исходя из вышеупомянутой потребности, исходные территории Natura 2000 были расширены, а весной 2009 года и в конце 2010 года в сеть были добавлены новые территории. На сегодняшний день Европейская комиссия подсчитала, что у нас достаточно территорий Natura 2000, но в базу данных необходимо добавить места обнаружения отдельных видов. 

В начале выбора территорий Natura велись горячие споры о том, должны ли территории Natura быть небольшими, чётко очерченными вдоль границ наличия природных ценностей (при этом одна особо охраняемной зона должна быть одной территорией Natura) или же территории Natura должны быть большими, включая как зоны наличия природных ценностей, так и окружающие их буферные зоны. В тот раз пилотный проект Natura определялся преимуществами крупных территорий, что, безусловно, было правильным решением, особенно с учётом большого экономического бума в то время, когда все участки земли, не затронутые Законом об охране природы, могли попасть под произвол застройщиков. 

Страны, которые ограничили небольшие заповедники, теперь оказались в затруднительном положении – как обеспечить экологическое функционирование этих территорий и перемещение видов между ними. Перед нами тоже стоит задача по организации более эффективного функционирования зелёной сети, чтобы в конечном итоге у нас были области достаточного размера, где природа могла бы развиваться сама по себе, а связующие звенья между территориями обеспечивали необходимые маршруты передвижения видов – иными словами, чтобы сеть была именно сетью. 

Целью сети Natura 2000 является поддержание или, при необходимости, восстановление благоприятного статуса находящихся под угрозой исчезновения видов и местообитаний по всей Европе

В Эстонии насчитывается 60 типов мест обитания и 100 видов по Директиве о местообитаниях, защиту и сохранение которых Эстония должна обеспечить. В соответствии со статьёй 17 Директивы о местообитаниях государства-члены ЕС, включая Эстонию, должны каждые шесть лет представлять Европейской комиссии официальный отчёт о состоянии этих видов и мест обитания. Для определения состояния видов и местообитаний разработано методическое руководство. Согласно этому руководству, все государства-члены ЕС впервые оценили состояние местообитаний и видов согласно Директиве о местообитаниях в 2007 году, во второй раз – в 2013 году, и в последний раз – в 2019 году, когда отчётный период охватывал 2013-2018 годы [1]. 

Состояние типов местообитаний в соответствии с Директивой о местообитаниях в Эстонии с каждым годом улучшается. К 2007 году у нас было 42% типов местообитаний в благоприятном состоянии, к 2013 году – 52% и к 2019 году – 56%. По сравнению с другими странами Европейского союза природа Эстонии находится в относительно хорошем состоянии. В целом по Европейскому союзу только 15% типов местообитаний находятся в благоприятном состоянии. 

Почти половина типов местообитаний и видов находится в неудовлетворительном и плохом состоянии. Это показывает, в какой мере среды обитания необходимо восстановить на участках Natura или часто просто дать ей возможность восстановиться. При восстановлении необходимо уделять пристальное внимание, среди прочего, восстановлению полуприродных сообществ и последующему поддержанию восстановленных сообществ, поскольку сейчас 41000 га полуприродных сообществ обслуживаются и восстанавливаются с помощью различных субсидий, что, к сожалению, недостаточно для того, чтобы добиться благоприятного статуса этих сообществ и обитающих там видов. 

Чтобы в будущем состояние всех видов и местообитаний улучшилось, природоохранные мероприятия должны планироваться более точно. Для территорий Natura следует составлять планы организации охраны, в которых указывается, какие природные ценности мы надеемся увидеть на этой территории сегодня, завтра и в отдалённом будущем, т. е. в плане управления сохранением должны быть изложены конкретные природоохранные цели. 

Поскольку сеть Natura 2000 является общим достоянием всей Европы – каждое государство-участник несёт ответственность за сохранение расположенных там природных ценностей для всей Европы, а Директива о местообитаниях также предусматривает софинансирование Европейского союза для функционирования сети Natura 2000. Охрана природы может финансироваться из различных фондов Европейского союза. Крупнейшим источником финансирования в Эстонии является Европейский сельскохозяйственный фонд развития сельских районов (EARDF), из которого на различные субсидии на 2014-2020 годы предусмотрено 73 миллиона евро. Из фонда выплачивается субсидия на уход за полуприродным биоценозом, а пользователям сельхозугодий и частным лесовладельцам выплачивается компенсация за недополученный из-за природоохранных ограничений доход. Из Фонда сплочения на 2014–2020 годы на природоохранные инвестиции предусмотрено 53 миллиона евро. Кроме того, в рамках экологической программы LIFE можно ходатайствовать о финансировании инновационных проектов с очевидной добавленной стоимостью в более широком контексте. 

Начались подготовительные работы к периоду финансирования ЕС 2021-2027 годов. Мы надеемся, что потребность в финансировании Natura будет учтена в будущем в еще большей степени. Это единственный способ обеспечить выполнение амбициозной цели сети Natura 2000, которая в более широком плане заключается в сохранении природного разнообразия в долгосрочной перспективе, другими словами, чтобы все наши виды и их места обитания сохранились и полностью выжили к тому времени, когда по Эстонии будут шагать наши правнуки. 

В Эстонии территории Natura 2000 образованы для охраны 60 перечисленных в Директиве Европейского союза о местообитаниях типов местообитаний, 53 видов животных и растений Приложения II и 136 видов птиц и видов перелётных птиц, перечисленных в Приложении I Директивы о птицах. 

Natura 2000 не означает, что необходимо охранять абсолютно все территории, где присутствуют типы среды обитания и виды животных или растений, упомянутые в директивах. Выбирается наиболее представительная часть территорий, необходимая для сохранения соответствующего вида.