По состоянию на 2021 год в Эстонии охраняется 568 видов

В зависимости от степени угрозы исчезновения охраняемые виды делятся на три категории охраны в соответствии с Законом об охране природы:

• Виды I категории находятся под высоким риском исчезновения, и точные данные об их среде обитания или среде произрастания не публикуются в средствах массовой информации. В эту категорию входят, например, все виды обитающих в Эстонии орлов, чёрный аист, чернозобик, филин, камышовая жаба, европейская норка, саркосома, обыкновенная летяга и обыкновенная жемчужница. 
• Виды II категории встречаются в очень малочисленных или ограниченных местах обитания, их численность и ареал сокращаются. К этой категории относятся, например, обитающие в Эстонии дупель, лебедь-кликун, медицинская пиявка, тис ягодный, башмачок настоящий, кольчатая нерпа, глухарь и все обитающие в Эстонии летучие мыши. Информация об их точном местонахождении или среде обитания тоже не должна публиковаться в средствах массовой информации. 
• Виды III категории являются вполне обычными и широко распространены, но зачастую их численность тоже начинает сокращаться. К ним относятся, например, черемша, многие виды орхидей, лягушек, шмели, коростель, длинномордый тюлень, выдра, обыкновенная гадюка и обыкновенный уж, а также серый журавль и белый аист — вполне обычные гнездящиеся у нас птицы. 

Список видов, относящихся к I и II категориям охраны, утверждается постановлением Правительства Республики. Список видов III категории охраны утверждается постановлением министра окружающей среды. 

По состоянию на 2021 год в Эстонии под охраной находится 568 видов, из которых 64 относятся к I категории, то есть строжайшей охраны (33 вида растений, 21 вид животных, 10 видов грибов и лишайников), 267 видов относятся ко II категории охраны и 237 видов — к III категории охраны. Эти списки будут регулярно обновляться каждые несколько лет. По мере изменения статуса видов и / или в свете новых знаний в списки могут добавляться виды или исключаться из него, или же переноситься из одной категории в другую. Например, в 2010 году чернозобик и филин были перенесены из II в самую строгую категорию защиты. По мере расширения ареала находящихся под охраной видов и увеличения их численности за счёт эффективных природоохранных мероприятий вид будет переноситься из категории более строгой охраны в менее строгую категорию: например, длинномордый тюлень, который ранее относился ко II виду категории охраны, с 2010 года причислен к III категории. 

Списки охраняемых видов не совпадают с красным списком видов, находящихся в состоянии, близком к угрожаемому. Однако последний список является важным источником, на основании которого виды берутся под охрану и переносятся в другой класс охраны. В дополнение к красному списку, при взятии видов под защиту полагаются на международные соглашения, директивы Европейского союза о природе и мерах предосторожности для предотвращения чрезмерной эксплуатации видов как природного ресурса. 

Однако иногда приходится на международном уровне ходатайствовать об исключениях. Например, согласно Директиве о местообитаниях, Эстония при вступлении в Европейский союз должна была взять под охрану всех крупных хищников (медведя, волка и рысь). Поскольку популяции этих животных в Эстонии жизнеспособны, и люди должны регулировать количество крупных хищников, Эстонское государство ходатайствовало у Европейского союза об исключении. Таким образом, с момента вступления Эстонии в Европейский союз медведь, волк и рысь являются охраняемыми животными для Европейского союза, но не для Эстонии. 

В основном виды оказываются под угрозой исчезновения из-за уничтожения среды обитания, ввиду деятельности человека или изменения климата. Однако причина может быть и в сокращении пищевой базы (например, если сократится численность добычи), и в наличии экологических токсинов, а также из-за ненависти к определённым видам (ранее все хищные птицы, змеи) и ввиду прочих факторов.

Последнее изменение: 27.11.2021