2021. aasta seisuga on Eestis kaitse all 568 liiki
Kaitsealused liigid lähtudes nende ohustatusest on looduskaitseseaduse alusel jaotatud kolme kaitsekategooriasse.
-
I kaitsekategooria liigid on suures hävimisohus ning nende elupaiga või kasvukoha täpseid andmeid massiteabevahendeis ei avalikustata. Sellesse kategooriasse kuuluvad näiteks kõik Eesti kotkaliigid, must-toonekurg, niidurüdi, kassikakk, kõre, euroopa naarits, limatünnik, lendorav ning ebapärlikarp.
-
II kategooria liigid esinevad väga vähestes või piiratud elupaikades ning nende arvukus ja levila väheneb. Sellesse kategooriasse kuuluvad näiteks rohunepp, laululuik, apteegikaan, jugapuu, kaunis kuldking, viigerhüljes, metsis ning kõik Eestis elavad nahkhiired. Ka nende täpseid elupaika või kasvukohaandmeid ei tohi massiteabevahendeis avalikustada.
-
III kategooria liigid on küll tavalised ja laialt levinud, kuid sageli on ka nende arvukus hakanud langema. Siia kuuluvad näiteks karulauk, mitmed orhideed, mitmed konnaliigid, kimalased, rukkirääk, hallhüljes, saarmas, rästik ja nastik, aga ka üpris tavaliseks pesitsejaks muutunud sookurg ja valge-toonekurg.
I ja II kaitsekategooriasse kuuluvate liikide nimekiri kinnitatakse Vabariigi Valitsuse määrusega. III kaitsekategooria liikide nimekirja kinnitab keskkonnaminister määrusega.
2021. aasta seisuga on Eestis kaitse all 568 liiki, millest I, kõige rangemasse kaitsekategooriasse kuulub 64 (33 taimeliiki, 21 loomaliiki, 10 seene- ja samblikuliiki), II kaitsekategooriasse 267 ja III kaitsekategooria 237 liiki. Neid nimekirju kaasajastatakse korrapäraselt mõne aasta järel. Liikide seisundi muutumisel ja/või uute teadmiste valguses võidakse liike juurde nimetada, välja arvata või muuta nende kaitsekategooriat. Nii näiteks arvati 2010. aastal II kategooriast kõige rangemasse kategooriasse niidurüdi ja kassikakk. Kui kaitsealuste liikide levila laieneb ja arvukus tulemusliku kaitsetegevuse tõttu suureneb, on liike rangemast kaitsekategooriast ka allapoole toodud – näiteks hallhüljes, kes varem oli II kaitsekategooria liik, on alates 2010. aastast III kaitsekategoorias.
Kaitsealuste liikide nimekirjad ei kattu ohustatud liikide punase nimekirjaga. Viimane on siiski oluline allikas, mille põhjal liike kaitse alla võetakse ja nende kaitsekategooriat muudetakse. Lisaks punasele nimestikule lähtutakse liikide kaitse alla võtmisel ka rahvusvahelistest lepetest, Euroopa Liidu loodusdirektiividest ja ettevaatusest, hoidmaks ära liikide kui loodusressursi ülemäärane kasutamine.
Teinekord aga tuleb rahvusvaheliselt taotleda ka erandeid. Näiteks loodusdirektiivi kohaselt oleks Eesti pidanud võtma Euroopa Liiduga ühinemisel kaitse alla kõik suurkiskjad (karu, hundi ja ilvese). Kuna Eesti asurkonnad on elujõulised ja inimene peab suurkiskjate arvukust reguleerima, taotles Eesti riik Euroopa Liidult erandi. Seega on Eesti Euroopa Liiduga liitumise hetkest karu, hunt ja ilves liidu mõistes kaitse all, kuid Eesti mõistes mitte.
Põhiliselt satuvad liigid ohtu elupaikade kadumise tõttu kas inimtegevuse või kliima muutuste tagajärjel, kuid probleemiks võivad olla ka toidubaasi vähenemine (nt kui saakobjektide arvukus langeb), keskkonnamürgid, vaenamine (varasemalt kõik röövlinnud, maod) jm põhjused.