Eestis on 100 loodusdirektiivis nimetatud liiki ja 219 linnudirektiivis välja toodud haudelinnuliiki
Natura 2000 on üle-euroopaline kaitsealade võrgustik, mis loodi Euroopa Liidu linnudirektiivi (Bird Directive) ning loodusdirektiivi (the Habitats Directive) alusel. Kui linnudirektiivi eesmärk on kaitsta kõiki Euroopa Liidus looduslikult elavaid linnuliike linnualade loomise kaudu, siis loodusdirektiivi eesmärk on kaitsta haruldasi elupaigatüüpe ning ohustatud ja endeemseid pärismaiseid looma- ja taimeliike. Natura 2000 võrgustiku eesmärk on tagada üle-euroopaliselt ohustatud elupaikade ja liikide säilimine ning soodne seisund.
Eestis on 100 loodusdirektiivi lisades nimetatud Euroopas ohustatud liiki (arvestades ka šaakalit, kelle kohta Eesti 2019. aastal Euroopa Komisjonile veel aru ei andnud), kelle kaitse ja säilimise Eestis peame tagama. Vastavalt loodusdirektiivi artiklile 17 peab Eesti esitama iga kuue aasta järel Euroopa Komisjonile aruande direktiivi rakendamise tulemustest. Liigi aruanne sisaldab nelja komponenti, milleks on liigi levila, populatsioon, elupaik ja tuleviku väljavaadete hinnang. Nende põhjal omistatakse liigile looduskaitselise seisundi üldhinnang (overall assessment of conservation status), kusjuures üldhinnang omistatakse neljast komponendist kõige nõrgema hinnangu alusel.
Loodusdirektiivi liikide seisundihinnanguid on praeguseks esitatud 2007., 2013. ja 2019. aastal, mille põhjal saab tõdeda, et Eestis on loodusdirektiivi liikide seisund sel ajavahemikul paranenud. Soodsas seisundis liikide osakaal on suurenenud 26%-lt 56%-ni. Euroopa Liidus on soodsas seisundis keskmiselt ainult 31% liikidest.
Linnudirektiivis nimetatud liikidest esineb Eestis 219 haudelinnuliiki. Nende populatsioonide seisundi kohta peab Eesti vastavalt linnudirektiivi artiklile 12 esitama Euroopa Komisjonile iga kuue aasta järel aruande. Lisaks haudelindudele tuleb seisundiaruanne esitada ka 27 läbirändava liigi ning 20 talvituva liigi populatsioonide kohta. Linnudirektiivi aruanne sisaldab kaht põhilist komponenti – populatsiooni suurust ja selle muutuseid kirjeldavaid näitajaid (arvukuse trende) ning populatsiooni levikut ja selle muutuseid kirjeldavaid näitajaid (leviku trende). Arvukuse trendides esitatakse lühiajalised ja pikaajalised trendid ning nende põhjal teame, et nii langeva arvukuse kui ka vähem stabiilse arvukusega linnuliike on Eestis pikaajalise arvukuse trendi (1980–2018) järgi märksa rohkem kui lühiajalise trendi (2007–2018) järgi.
