Kaitsekorralduskavade ja liigi tegevuskavadega nähakse ette tegevusi ja töid, et parandada ja/või säilitada kaitstavate loodusobjektide ja kaitsealuste liikide seisundit. Inventuuride, uuringute ja seirete kõrval võib osutuda vajalikuks erinevate praktiliste tegevuste elluviimine, nt kraavide ja teede sulgemine, võsa võtmine, poollooduslike koosluste taastamiseks freesimine, aedade ehitamine, alleepuude hooldus. Selliseid töid nimetatakse looduskaitselisteks töödeks ja neid korraldab Keskkonnaamet.

Mahukaid soode taastamise projekte viib ellu Riigimetsa Majandamise Keskus.

Vastavalt kavadele ja vajadustele pannakse kokku tööde nimekiri ning koostatakse lähteülesanded, mis avaldatakse Keskkonnaameti kodulehel. Loodushoiutööde eelisjärjestus on:

• I kaitsekategooria liigi elupaiga kvaliteedi tõstmise ja seisundi säilimiseks vajalikud tegevused;
• kavades  planeeritud I prioriteediga (kõige kõrgema) tegevused;
• poollooduslike koosluste taastamise ja hooldamisega seotud tegevused;
• kõik muud tegevused, mis on vajalikud kaitsealuste objektide heakorra ja hea seisundi tagamiseks.

Tööde teostamiseks oodatakse huvilistelt hinnapakkumusi ja parima pakkujaga sõlmitakse töövõtuleping, kusjuures võimalusel on eelistatud töid teostama maaomanikud.

Kaitsealuste objektide ja liikide soodsa seisundi tagamiseks on oluline tegeleda ka võõrliikidest tulenevate mõjudega. Vaatamata ennetustegevustele, millega välditakse uute võõrliikide Eestisse sattumist, on meil paraku võõrliike, mis on muutunud invasiivseks ehk ohtlikuks nii loodusele kui inimesele.

Võõrliikide ohjamiseks koostatakse ohjamiskavad ja seni on neid koostatud karuputke võõrliikidele ja verevale lemmmaltsale. Koostamisel on jõevähi tegevuskava, mille üheks osaks on ka võõr-vähiliikide ohjamine ja võõr-nälkjaliikide ohjamiskava. Ohjamiskavasid tellib ja nendes ette nähtud tegevusi viib ellu Keskkonnaamet.

Riiklik tõrje toimub karuputke võõrliikidele (Sosnovski ja hiid-karuputk) ja tõrjetöid tellib Keskkonnaamet riigihanke kaudu üheks või mitmeks aastaks.